Οι Διδακτορικές Σπουδές του Τμήματος οργανώνονται σύμφωνα με τον Νομό 4485/2017 και τον Κανονισμό Διδακτορικών Σπουδών του Τμήματος 

 Αποσκοπούν στην προαγωγή πρωτότυπης επιστημονικής έρευνας και στην ουσιαστική συνεισφορά στην εξέλιξη της γνώσης στον αντίστοιχο επιστημονικό κλάδο.

 Οδηγούν στην απόκτηση Διδακτορικού Διπλώματος στην Επιστήμη και Τεχνολογία Τροφίμων.